События игры разворачиваются через десять лет после завершения событий шестой части фильма (VI: Возвращение джедая). Вторая звезда смерти уничтожена, пали император и его ближайший соратник Дарт Вейдер, но империя не сдается.

Игрок выступает в качестве студента (или студентки) Академии джедаев Джейдена Корра, который сумел самостоятельно создать световой меч и, следуя давней традиции отправился на Явин 4, где расположена Академия Джедаев, для изучения возможностей Силы. По пути он знакомится с другим курсантом по имени Рош Пенин. Во время захода на посадку корабль оказывается сбит. Джейден и Рош вынуждены пробираться в Академию через джунгли. Люк Скайуокер спешит на помощь, в это время Алора (сподвижница Тэвион) проникает в его записи с перечнем мест, где есть мощные проявления Силы. Добравшись до храма Джейден видит Тэвион (ученицу Десана) с приспешниками, которые с помощью скипетра выкачивают Силу из храма.

На совете Люк Скайуокер заявляет, что поднимают голову Возрождённые — последователи Культа древнего лидера ситхов Марки Рагноса, умершего тысячи лет назад. Джедай Кайл Катарн становится учителем Джейдена и Роша. Ученики проходят обучение и получают различные задания. В противоборстве с членами культа постепенно складывается общая картина. Тэвион удалось завладеть древним артефактом — скипетром Рагноса, который способен впитывать и отдавать энергию Силы. Её цель — воскресить умершего Марки Рагноса. Во время одной из миссий пропадает Рош. Пытаясь остановить последователей культа, обшаривающих покинутую базу повстанцев на Хоте (с целью установить координаты планеты Дагоба, где укрывался магистр Йода) Джейден вступает в поединок с Алорой. В цитадели лорда Вейдера — замке Баст на Вьюне Джейден вступает в бой с Рошем, которого последователи культа перетянули на свою сторону. Джейден разоружает Роша, но появляется Тэвион. Кайл и Джейден чудом спасаются, вызвав обвал. В следующий раз Джейден встречает Роша и Алору на Таспире, откуда пришёл сигнал помощи от Роша и здесь перед игроком встаёт выбор одной из двух линий сюжета.